鸣人接下纲手下达的任务，和小樱一起追踪拔忍蜈蚣。他们追着蜈蚣来到了沙漠中的废墟“楼兰”，而蜈蚣的目标正是沉眠于楼兰地底的龙脉。龙脉拥有巨大的能量，蜈蚣将龙脉解封，能量的漩涡把进入废墟探查的鸣人吸了进去。鸣人从昏迷中醒来，...

故事从97年《最终幻想VII》结局两年之后开始，当人们以为世界已经和平之时，所谓的“星痕症候群”的病却开始四处蔓延，世界再度面临危机。同时曾经为拯救世界而战的英雄克劳德却与世隔绝孤独的生活着……...