1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。　...

　　照常进行修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（上田祐司 配音）、小霞（饭塚雅弓 配音）一行辗转来到水之都奥多马雷参加紧张刺激的水上竞赛。奥多马雷流传着一个精彩的传说，在很久很久以前，岛上的老夫妇捡到一对孤儿兄妹，当...

在离东京约300里的凤凰岛上发生一宗离奇死亡事件，警视厅特命小组的杉下右京和甲斐享为了调查而前往这小岛。他们表面是调查这宗命案，其实是奉命追查有关凤凰岛的奇怪传言。凤凰岛由某实业家拥有，许多前自卫队队员聚集在岛上进行训练...